传统的消毒方法是用甲醛等化学药剂熏蒸，如上所述，化学药剂熏蒸的弊端很多，用臭氧机配件消毒来代替是一个好办法。
利用中央空调净化系统对洁净区的消毒在制药厂，一般来说，洁净区面积较大，多用中央空调净化系统完成对各洁净区的净化消毒。
传统的消毒方法是用甲醛等化学药剂熏蒸，如上所述，化学药剂熏蒸的弊端很多，用臭氧机配件消毒来代替是一个好办法。
1）.将臭氧机配件直接安装在空调净化系统的送、回风主管道中或组合式空调器的中效过滤器后送风段，这种形式称为内置式臭氧发生器。臭氧随着净化风送入各洁净区，对洁净区进行消毒。但由于氧气放电是一个放热过程，发生器介电材料抗热冲击性能的局限性，限制了发生器工作时产生的热积累量不能过高。无论对发生器本身的寿命还是对O3的产量来说都要求发生器的温度越低越好，内置式臭氧发生器的散热性能不好，会导致臭氧产量低于标准产量，也缩短了发生器寿命。
2.）可以将臭氧机放在净化系统送、回风管道的外面，将自净的臭氧化气体充入HVAC系统的风道中，然后被送到各洁净室，这种形式称为外置式臭氧发生器。外置式臭氧发生器安装维修方便，并可用于防爆环境，符合防爆要求，但成本稍高。
3）按照卫生部消毒规范的要求，对空气消毒的臭氧浓度是2～5ppm，但事实上，洁净区的消毒不仅是对空气消毒，还包括对物体表面的消毒，所以设计浓度应为10～5ppm，每日做空气灭菌只需开机1～1.5h左右，即可达到洁净室的灭菌目的，同时对HVAC系统起到杀灭杂菌和霉菌的效果，实践证明，臭氧发生器配件产生的臭氧还能对高效过滤器起到溶菌疏导作用，延长其使用寿命。
臭氧机配件灭菌效果主要取决于以下6个因素:
臭氧机在气相条件中，臭氧杀灭微生物的效果，取决这几个主要因素：
①臭氧阀值浓度，即当臭氧空气浓度在达到此浓度要求时，才能具有杀灭微生物的能力；
②微生物种类；
③灭菌处理时间；
④臭氧分布方式；
⑤空间内的温度和湿度条件；
⑥室内墙面、顶棚、地板及其他装饰材料的还原性影响等。
气相条件下，臭氧对微生物的杀灭效果是有区别的，经实验证明，臭氧对人、动物的致病菌、病毒具有很强的溶菌性杀灭作用。
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